Заболевание вызывают хламидии, паразитирующие на слизистых оболочках различных органов. Хламидии могут стать причиной воспаления мочеиспускательного канала, предстательной железы, придатка яичника, прямой кишки при гомосексуальных связях и даже поражения суставов у мужчин.
У женщин хламидии вызывают воспаление мочеиспускательного канала, маточных труб и шейки матки, изменение строения его слизистой оболочки, может стать причиной внематочной беременности. У детей из-за этой болезни возникают поражения слизистых оболочек глаз, лёгких, уха, она может привести к гибели новорожденных.